Üldiselt hõlmab kliinilises praktikas keemiliste desinfitseerijate kasutamine järgmist nelja meetodit:
1. keelekümblusmeetod, mis hõlmab desinfitseeritud eseme pesemist ja kuivatamist ning seejärel selle sukeldamist teatud aja jooksul kindlaksmääratud kontsentratsiooni desinfitseeritud lahusesse.
2. pühkimismeetod: kastke saastunud esemete pinna ja naha limaskesta pühkimiseks kindlaksmääratud kontsentratsiooni keemilises desinfitseerimisvahendis. 3. Pihustusmeetod: määratletud aja jooksul kasutage desinfitseerimiseks ruumi ja objekti pinnale keemilise desinfitseerimisvahendi teatud kontsentratsiooni ühtlaselt pihusti.
4. fumigeerimismeetod, suletud ruumis desinfitseerimise ja steriliseerimise meetod, kuumutamise või desinfitseerimisvahendi või oksüdeerija teatava kontsentratsiooni lisamiseks gaasi tootmiseks kindlaksmääratud aja jooksul.
